花卉组织培养由于条件可以严格控制，生长迅速，l一2个月即为一个周期，因此在花卉植物的生产上有重要应用价值。
1．快速大量繁殖方面
对一些难繁殖的名贵花卉品种及一些短期内大量急需生产的花卉，应用很广。兰花、菊花、唐吕蒲等花卉利用腋芽增生，短期得到大量植抹。非洲紫罗兰可通过阶片，水仙可通过鳞片，诱导产生不定芽，从而达到大量繁殖的目的。
2．花卉育种方面
百合、有用等许多花卉可以进行远缘杂交，由于丝：理代谢等力团的原因，常使杂种胚早期败育，因而得不到杂种植物。而在试管中进行肛培养，可使其顺利生长，得到远缘杂种。此外还可采用愈伤组织诱变、花粉培养等多种方法，来进行花卉育种。
3．培育无病毒苗方面
菊花、唐音蒲、水仙、郁金香、大丽花等一大批花卉靠无性繁殖法繁殖，病毒逐代传递积累，危害日趋严重。而分离花卉植物o t—o 5毫米大小的生长点，培养得到的基本上是无病毒菌。因此这一技术已在花卉无病毒苗的培育中广泛应用。