1 生化方面的分析中的应用
生物体内的蛋白质、肽和核酸，都以混合物状态出现，具有强 极性，难挥发性，又具有明显的热不稳定性，所以用gc-ms来分析 生物大分子存在困难，需要经过深度降解，并需对降解生物作各种复杂的衍生化处理。而hplc能分析强极性、不易挥发、高分子量及对热不稳定的化合物；ms具有高灵敏度，能在复杂 基质中进行准确的化合物的优点，所以hplc-ms作为生化分析的一个有力工具，正在得到日益的重视。研究人员利用hplc-ms技术在生化方面己经有很多应用。
2 天然产物分析中的应用
利用hplc-ms分析混合 样品，和其他方法相比具有高效快速，灵敏度高，只需品进行简单预处理或衍生化，尤其适用于含量少、不易分离得到或在分离过程中易的组分。因此hplc-ms技术为天然产物研究提供了一个高效、切实可行的分析途国内利用该技术在天然产物研究中已经有很多报道。如 李丽等利用 高效液相色 质谱联用技术研究了 朝鲜淫羊蕾中的 黄酮类化合物。