花卉种子一般常用干藏、沙藏、水藏三种方法收藏。
干藏
大多数花卉种子都可采用此法收获。将种子晾干，剔除其他杂质，装入纱布缝制的袋内，如一串红、鸡冠花等。不要装入玻璃瓶或塑料袋内，因不透气，影响种子呼吸。种子袋可挂在室内阴凉通风处，室温保持在５℃～１０℃即可。
沙藏
可将采收的牡丹、芍药等种子，放于０℃～５℃的低温湿沙内，这类种子在自然条件下，有一段休眠期，经过休眠而成熟。在播前１个月拿出，在春天播种。
水藏
有些种子采收后应泡在水里，如睡莲等。水温一般要求在５℃左右，低于０℃时种子会受到冻害影响出芽。各类种子均不宜在太阳光下暴晒，要晾晒阴干，否则，会影响其发芽率。晾干后应把种子放在阴凉通风处，应注意防潮、防烟熏、防老鼠糟踏种子。