土壤带菌；
连茬苗木带菌；
过量施用化肥，尤其是劣质复合肥，使土壤板结、酸化发病；
过量灌水，使土壤透气性差而发病；
管理不当，干旱、缺少有机肥、环剥过重、结果过多，使树势衰弱而诱发病害。
根腐病发生时，一般只有地上部症状明显时才能发现，此时治疗为时已晚。
地上部症状出现后，树体即丧失结果能力，如果不及时治疗将逐步衰弱死亡，挖后重栽则可能引起侵染甚至毁园。
过去防治根腐病主要侧重于药剂灌根，成本较高，有效期短，易于复发。
经多年观察实验，改良土壤、生物防治是治愈果树根腐病的有效途径。
具体方法：
1、增施微生物肥料，促进树体根系生长。
微生物肥料除供应养分外，还可调节植物根系的微生态环境，使土壤环境不利于病原微生物生存，而利于有益微生物种群的大量繁殖，从而达到防治病害的目的。
2、加强管理, 合理施肥改土。
施肥以基肥为主, 追肥为辅；以有机肥为主，无机肥为辅。另外，应深翻改土，提高土壤通透性，改果园清耕为生草种草，增加植被，清除枯枝落叶，减少病源基数，防止腐烂病危害削弱树势，诱发根腐病。对已发病的果园，应及时晾根、晒土、换土，隔离病源菌，防扩散传染。要注意合理修剪，控制结果量，防止早期落叶，增强树势，提高抗病能力。