根据果园类型套栽。旱地果园只适合套栽耐旱药材，如柴胡、黄芩、黄芪、知母等。水浇地可套栽较喜湿润、不耐寒的元胡、附子、北沙参等。山区应套种喜湿、怕热的黄连、党参、麦冬、西洋参等。
根据树种套栽。枣树、柿树等发芽较迟的果树，可套栽喜光但有夏眠习性的贝母、元胡等。桃、杏、樱桃、枇杷等果熟期在最热月份到来之前的果园，可套栽喜热怕践踏的茯苓等菌类药材，还可利用此阶段树冠的保湿、遮荫作用挂袋生产木耳和银耳。
根据树龄套栽。幼龄果园因尚未封行，可在行间栽培1—3年收获的地黄、远志、黄芩、菊花、黄芪、牛膝、板蓝根、草决明、白术、柴胡等喜光药材。成龄果园则应选择喜阴或耐阴的药材套种。
根据树冠情况套栽。树冠及树叶较稠密的果树，如桃、樱桃、杏、葡萄、柿子等，可套栽半夏、天麻、灵芝、黄连等喜阴湿的药材。树冠较稀疏的果树，如苹果、梨、山楂等则可套栽丹参、百合、天门冬等稍耐阴湿的药材。