病害牡丹病害主要有褐斑病、红斑病、灰霉病、根结线虫病。
1)褐斑病主要为害叶片，初感染时叶面出现圆形褐色斑点，以后逐渐加深，后期出现轮纹状黑色霉点，严重时叶片枯死。
防治方法及时摘除病叶残体，以减少感染源；用80%代森锌500倍液喷施。
2)红斑病主要为害叶片嫩茎，感染初期叶片出现褐色小点，以后逐渐扩大。茎部感染出现圆形小斑点，严重时出现大面积枯死。
防治方法清除病残体，感染较重的病株拔除销毁；每15天喷洒1次50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，效果较好。
3)灰霉病牡丹地上部分均可感染，初期呈暗绿色水渍状病斑，以后颜色加深腐烂至整个植株死亡。
防治方法避免轮作，及时清除病残体；用70%甲基托布津可湿性粉剂1 000倍液喷洒。
4)根结线虫病主要为害须根，产生许多圆形根结。地上部分表现为生长不良，开花小甚至枯死。
防治方法做好检疫工作；土壤消毒，用15%铁灭克每亩2.5千克用土拌匀施人。
虫害常见的虫害有蛴螬及吹绵介壳虫。蛴螬为害根部，吹绵介壳虫为害枝叶。
防治方法防治蛴螬，可用50%辛硫磷2 000倍液灌或辛硫磷颗粒250克探翻入土，亦可人工捕杀成虫；防治吹绵介壳虫，幼虫孵化后，喷80%敌敌畏2 000倍液防治或50%马拉硫磷1 000倍液，效果较好，亦可人工刮除成虫，再涂4-5波美度石硫台剂保护。