高锰酸钾是医用消毒剂，杀菌效果十分好。其在防治瓜菜病害上有奇效，举例如下：
枯萎病高锰酸钾防治瓜类蔬菜枯萎病，既无污染，又有好的防治效果。黄瓜定植活棵以后，每株以150—200毫升高锰酸钾1000倍液灌根，每7天灌浇1次，灌浇3次，可防范枯萎病发生。西瓜在播种前，以高锰酸钾500—800倍液全面喷洒苗床土壤，或在西瓜幼苗和伸蔓期以高锰酸钾500—800倍液灌根，每次每株浇灌250毫升左右，可将枯萎病率控制在此期0.5%以下。西瓜枯萎病始期，立即以高锰酸钾500—800倍液灌根，治愈率80—90%。
软腐病和霜霉病用高锰酸钾水溶液浸种和生长期在发病初期喷施，对软腐病和霜霉病均具有良好防效。浸种，可用高锰酸钾800—1000倍液，浸1—2小时，捞出阴干即播。生长期在发病初期喷施，共喷发2—3次之600—800倍高锰酸钾水溶液，6—7天1次。
猝倒病茄果类蔬菜苗期以此为800—1000倍高锰酸钾水溶液喷施，猝倒病防效高达90%以上。高锰酸钾500倍液对辣椒种子消毒10分钟，齐苗时再以其喷洒秧苗，防效也可达90%以上。
但在配制高锰酸钾溶液时要注意的是：1、不能用温、热水配制，以防药剂分解而失去氧化功能；2、随配随用，勿配后久放，器械用过后，一定要冲洗干净，以免氧化腐蚀；3、高锰酸钾不能与其它杀菌剂混用，不能与微生物杀菌剂混用。4、高锰酸钾农用防病宜用于种子、苗床消毒、植株灌根、苗期喷洒等