紫芋的主要病害有芋软腐病和芋疫病。
芋软腐病
紫芋软腐病为细菌性病害，由土壤和水肥带菌传染。多在高温季节发生，引起球茎发软和腐烂，以至全株枯死，造成严重减产。
防治方法:实行3年以上轮作；选用无病虫的田块的健壮子芋做种；不施用未经腐熟的有机肥料；不灌污水；田间发现少数病株及时挖除，并局部施入多菌灵粉剂消毒。
芋疫病：
紫芋疫病属真菌性病害，病原菌在病残株的组织上或土中越冬。病原孢子借风雨和气流传播。发病时首先在叶片上产生黄褐色斑点，以后愈合成圆形或不规则形病斑，内有轮纹。严重时引起叶片枯死和球茎腐烂。多在高温多湿天气发生和蔓延，对紫芋为害较大。
防治方法：实行三年以上轮作制，选用无病田块的子芋做种，及时摘除老叶和萌孽；适当增施磷肥，发病初期用70％的代森锰锌或70％的白菌清可湿性粉剂600至700倍液喷雾。药剂交替使用。