1．生理病害麝香百合栽培过程中的生理病害主要有盲花和花裂等。其发生原因和防止措施如下。
(1)盲花受害的花芽正常发育受阻，花蕾凋谢而枯萎。多数情况是由于密植及室内的光线不足，或日照时数短等原因。特别是5℃以下的低温、气温急剧下降、昼夜温差大以及土壤过干或过温。要防止盲花现象的发生，就要设法避免上述情况的出现。
(2)花裂主要表现为花瓣分离开裂，多发生在气温骤变、干湿悬殊的时候。防止裂花就要尽量避免气温的急升急降，并注意浇水适时适量。
2．软腐病主要危害叶、花、鳞茎，花瓣发病则产生椭圆形病斑；叶片发病则产生椭圆形、淡黄色、周围黑褐色稍下凹的病斑；遇到雨天则茎叶上产生黑色小粒点，最后叶全部落下，造成植株死亡。防治方法：发现少量植株发病立即剪除或拔除，并将其烧毁或深埋，另外注意通风透光，增加植株抗病力。
3．腐败病、叶斑病由病菌侵入鳞茎叶片引起。防治方法：如发病应每10～15天喷1次50％脱菌特600～1000倍液或40％灭菌丹500倍液。预防的主要措施是种植麝香百合的地块不连作。
4．刺足根螨成螨乳白色，洋梨形。此螨在地下危害球根，一般先危害鳞茎的蒂部，逐渐扩展向上，被害部位变黑腐烂，严重时造成整林死亡。防治力法：鳞茎贮藏时注意通风和干燥，对受害的鳞茎，收获后、贮藏前用40％三氯杀螨醇1000倍液浸泡2分钟，可起到防治作用。
5．蛴螬常将麝香百合的根部咬断，造成植物萎蔫以致死亡。防治方法：可用黑光灯诱杀成虫，也可在花卉根部灌50％辛硫磷乳剂1000倍液，将其杀死。