离子色谱仪虽然市场上种类繁多，但是其结构主要包括泵液系统、进样系统、色谱分离柱、检测器、数据处理五个部分组成。离子色谱仪工作原理是充分利用固定相与流动相间的交换作用，固定相中离子交换树脂上可离解的离子与流动相中具有相同电荷的溶质离子在分离色谱柱中滞留时间长短不同，分析物溶质与交换剂之间亲和力的差异性进行分离。
离子色谱仪测定常见阴离子效果比较好，比较适用于亲水性阴、阳离子的分离。色谱仪便于检测的常见阴离子包括：f-,cl-,br-,no2-,po43-,no3-,so42-等;检测的阳离子主要包括:li+,na+,nh4+,k+,ca2+,mg2+,cu2+,zn2+,fe2+,fe3+等。
离子色谱仪具有快速、高效、准确等优点，对于高浓度样品的检测，检测结果不太理想，只有把高浓度样品进行稀释，然后再进行测定分析。而且离子色谱仪测定的范围也比较有限，设备使用过程需要经常维护，才能确保其性能良好。
离子色谱仪工作流程基本大同小异。其流程主要为：
(1)对淋洗液系统进行必要检查，打开氩气气瓶开关，调节减压阀指示为0.2-0.3mpa;打开淋洗液系统气源装置，调节减压阀，使指示表显示为3-6psi。
(2)分别按顺序打开主机-电脑-打印机等设备电源开关，对设备进行上电操作。
(3)系统处理及控制系统上电接通后，进入操作界面，并进入系统操作面板，准备操作前的准备及管理工作。
(4)打开泵。如色谱分析仪长时间不使用或更换淋洗液后，要先打开平衡泵头上的prime阀排气后再开泵，待泵压力稳定后再打开抑制器电源。
(5)在进入色谱柱之前通过进样器将样品导入,流动相将样品带入色谱柱,在色谱柱中各组分被分离,并依次随流动相流至检测器。
(6)检测器检测到的信号送至数据系统，利用操作界面做完样后，选择检测标准进入数据处理，对采集数据进行记录、处理、打印或者保存等操作。
(7)关机，系统关机需要根据检测样品不同选择不同关机步骤。对于阴阳离子，需要先将抑制器电流关掉，然后再关泵，后关主机。