一、基腐病 百合在植株茎基易发生基腐病，使叶下垂变黄；在叶上还会感染叶斑病，使植株停止生长。鳞茎及鳞片腐烂病，在地下茎呈褐色至黑褐色斑点，逐渐扩大到茎内部，使鳞茎腐烂。还有一种立枯病，病株幼叶出现黄绿或白色斑点，严重叶变为褐色，叶片出现卷曲。防治：立枯病是一种生理性病害，其他病害均由真菌引起，可用50%多菌灵，每亩1公斤进行灌根，或与50%的代森铵100倍液混合使用。注意发病初期应立即拔除病株，并立即防治。
二、百合无症病毒，又称百合病毒或“百合曲条病毒”。（1）症状：一般情况无症状，或叶上产生轻度斑晕，皱曲条纹。容易形成复合感染，为与cmv复合感染时产生坏死斑点，与郁金香碎色病毒复方感染时产生褐色坏斑或条斑。（2）分布：我国江南、江北各地均有发生，尤以厦门为严重。（3）病原：病毒质粒为线条状，长而稍带弯曲，汁液传播和蚜虫传播。麝香百合作为诊断寄主。市场上出售的百合鳞茎中普遍带毒。（4）防治：选择无病毒鳞茎作为种源。加强防治蚜虫工作。百合无症病毒也能为害郁金香，因此这两种花卉不能混种、套种或连作。