花卉在生长发育过程中，因环境条件不适应所引起的病害叫生理病害。由于营养物质不足引起的病害主要是矮化及失绿症。植物体内缺少氮就不能保证其高生长；由于土壤过碱（北方）或过酸（南方）造成植株衰弱，叶片枯焦；缺磷、缺钾以及其他微量元素，也会使花卉失绿、枯萎。花卉生长发育过程中缺水会造成凋枯、矮生；水分过多，根系呼吸受到障碍而腐烂，植株也会枯黄。所以，当叶片发黄萎蔫时，要慎重诊断后再采取措施。
土壤和空气的温度过高或过低，也会引起生理病害。土温过高，受害部分软化、干枯、萎缩，尤其是浅根性表皮薄的花卉易受害。光照过强引起的日灼病，在茎基部向阳面形成水浸状病斑，慢慢裂开。
低温引起的病害，如霜害、冻害。受害的花卉叶、花、果发黄、干枯、脱落或叶、幼茎卷缩。这类病害一般在早春白天和夜间温差大的时候容易发生；而原产无霜地区的花卉，如白兰、茉莉等经霜打即死亡。工厂、汽车等排出有毒的废气，有的会使叶片变色脱落。