对刚出土的除虫菊幼苗应进行地面消毒工作，防止幼苗根基腐烂死亡，为此应做好以下两项措施：
一、若在播种时未进行土壤消毒，小苗出土后应用多菌灵、唑菌威等杀菌剂进行消毒。幼苗要有充分光照，若用大棚育苗湿度不宜太大，棚内气温达25度时应适当放风，让棚内空气流通。挥发棚内空气中水份，有利于幼苗健壮生长。
二、除虫菊幼苗在未形成木质化时，其自身还未开始产生菊酯，为此不具备杀虫作用，若遭害虫侵害，需进行农药杀虫，最好选用菊酯类农药，用菊酯类农药不但起杀虫作用，还可促进除虫菊自身菊酯产生。
除虫菊幼苗虫害情况有两种：一种夜螺虫，当幼苗出土15天左右，夜间害虫夜螺时常出来活动，从根部咬断幼苗，此时可用呋喃丹在地上撒一层防止夜螺咬苗，一些老种户在下种时，就在地面上撒一层早已备好的除虫菊干粉，防治夜螺咬苗，效果极佳。其次幼苗期也可能遭受蚜虫侵害，若有蚜虫侵害，可用菊酯类农药喷打防治。
除虫菊进入成龄苗期，木质化不断增强，自身抗虫杀虫菊酯日趋提高，同时挥发出一种异香气味，含有浓厚菊酯成分，昆虫类害虫将会避而远之。除虫菊开花期挥发出菊香气体，让人闻着特别舒服，对蚊蝇驱避效果极佳。