气相色谱仪基线扭动指基线上下扭摆不停超出标准范围、无法走直稳定。发现气相色谱仪基线扭动时，请先检查电网电源是否有异常波动或突变，特别是在同一电网电源上接有大功率装置时，更要注意。同时检查气相色谱仪的接地是否正确并且良好。
a.将火焰熄灭之后基线如果还是扭动：
1).检查检测器是否被污染，如果污染请进行清洗。
2).检查检测器的温度是否正常，必要时检测器进行老化。
3).检查是否离子信号线故障、放大器电路板故障、输出信号线故障、积分仪/工作站故障。
b.将火焰熄灭之后基线停止扭动，降低色谱柱箱的温度扭动幅度却不变小：
1).检查使用的空气是否有污染现象，注意更换气体过滤器的过滤剂，及对空气压缩机进行放水。
2).检查空气压缩机的起动与基线扭动有没有关系，否则维修空气压缩机。
3).检查检测器是否被污染，如果污染请进行清洗。
4).检查检测器的温度是否正常，必要时检测器进行老化。
c.降低色谱柱温度后基线扭动减少，但降低进样器温度扭动幅度却不变小，则基线扭动的原因与色谱柱或载气有关：
1).检查载气是否污染或流量不正常。
2).检查色谱柱安装连接部分或进样垫部分是否有漏气现象。
3).检讨是否色谱柱老化不足，必要时对色谱柱进行老化。
d.降低进样口温度之后基线扭动减少，要考虑是否进样口有污染现象：
1).如果确认进样器污染，请进行清洗。
2).更换新的进样垫。
3).检查进样器温度是否波动。