水草经过消毒之后，为了使种植后的水草能够顺利成长，以及避免将藻类引进水族缸，必须事先给予妥善的修剪。尤其是有一些着生的藻类，往往不易使用手指尖或镊子去除，此时最好使用剪刀把整片叶子剪去，甚至于在不得已的情况下，剪去所有的叶片，只保留一截短茎或叶柄及根部就好，而让它在水族缸重新发芽生长。对于老叶、有破损的叶，以及伤叶、伤枝及不希望保留的叶，都可以剪去，尽管留下来的叶片也许不多，但新叶将很快就可以长出来，同时未来应该都能长得硕大而且美丽。 市售有茎水草通常都还未长出根，在买回种植之前，如果茎节下部保留太长，栽种后茎节没有栽入砂层中，可能会使栽入的部分发生腐烂，而让植物体从底床脱离，并浮在水面之现象。因为有茎水草的根主要是从茎节长出来的，如果不把茎节以下过长的茎剪下，就可能会受到影响.
凡是无茎的根生水草，都要把大部分的须根剪掉。能不容易把它的茎节栽入砂层中。凡是无茎的根生水草，都要把大部分的须根剪掉,因为大部分的根都会枯萎而长出新根。另外，某些莲座生的无茎水草，如皇冠草，其根部经过修剪后，在种植时，也较为便利。