大棚在使用前，必须进行消毒。消毒所用药物，要因棚、因病虫害种类而异。在消毒程序和内容上应抓住以下4个方面：
1.空间消毒：应在播种或定植前7～10天进行。每立方米用硫磺4克、锯末8克混匀，放在容器内燃烧，时间宜在晚上 7时左右进行，烟熏密闭24小时。也可以按每立方米用25％百菌清1克，锯末8克混匀，点燃熏烟消毒。
2.棚架、设备、工具等消毒：多用1∶50～1∶100的福尔马林水溶液洗刷或喷洒。
3.土壤消毒：要根据大棚土壤的病虫种类选用农药，在定植前10～15天进行。枯萎病发生严重的大棚，可向垄沟或地面喷浇100倍～200倍福尔马林液，然后用薄膜覆盖5天，15天后药剂全部挥发完毕，即可播种和定植。其他病害可用50％多菌灵、50％托布津或70％敌克松1000倍液喷洒土壤，或制成毒土撒布后翻入土中。有地下害虫的大棚地，可以在土壤处理时加一定数量的杀虫剂。
4.沟消毒：枯萎病严重的地块，在定植前未进行土壤消毒或者消毒质量不好的，还可以在定植沟内，每667平方米用50％托布津1.25千克，或50％多菌灵0.75千克，或70％五氯硝基苯1千克左右进行消毒。以上药剂要先按药粉1份和细干土100份掺拌均匀，然后撒布在定植沟内。