一、影响棉种品质的因素
1.贮藏条件 棉种贮藏环境的水分、温度是影响种子质量的重要因素。据测定，在自然温度条件下，棉种含水率20%，存放2个月发芽能力就基本丧失;棉种含水率在14%，存放8个月就基本丧失发芽力;棉种含水率在10%--12%，可存放2年仍有较高的发芽力。因此，棉种含水率应保持在10%，最大不超过12%，这是棉花种子贮藏的基本条件。
2.管理不当 在棉花生长期间，肥水过大，棉花徒长，田间荫蔽，个体发育不健壮，特别是棉花后发，造成种子后熟期拉长，红籽多，健籽率低。此外，用乙烯利催熟，迫使种子提前成熟，先天不足，饱满度下降，也直接影响种子的活力。
3.收获期掌握不准 生产上通常用霜前花留作种子，以10月23日前为留种截止期，10天--15天采摘1次，而群众多是3天--5天采摘1次，甚至把霜后花留作种子用，最容易出现问题。
二、提高棉种品质的措施
1.科学管理 对于留种的棉田，要科学运用肥水，促使棉株健壮发育，增加棉株蕾铃数量，提高种子质量。忌使用化学药剂催熟，以免降低籽指和发芽率。
2.适时收获 以9月中下旬至10月上旬采摘的棉花留种为好，其种子是在最优的条件下形成的，成熟度好，健籽率高，10天--15天采摘1次，杜绝3天--5天摘1次，霜后花坚决不能留种用。
3.精细加工 使用机械剥绒时，要避免剥绒次数过多，强度不要过大，破籽率不超过5%。
4.严格贮藏 种子贮藏前，先进行药剂处理，杀死红铃虫等害虫，然后迅速晾晒3天--5天。如若群众自己留种，一般数量少，可用通透性好的麻袋或布袋包装，室内贮藏即可。对于繁种单位贮存量大，需要在室内或室外起垛贮藏的，一定要留通风道和通气孔，保证贮藏处通风、干燥。对于入库的种子要定期检查，发现种子含水量超过12%，仓库温度高于15℃时要及时晾晒棉种，防止霉变。