秋季花卉病虫害的种类主要有：叶斑病、黑斑病、炭疽病、枯萎病、白粉病、介壳虫、蚜虫、蓟马、天牛、木蠹蛾、粉虱、斑潜蝇、螨类（红蜘蛛、跗线螨）、线虫等。
叶斑病主要为害茶花、桂花、榆树、兰花、凤梨、罗汉松、散尾葵等，一般病叶率为１５％～３０％，重的达５０％以上。
黑斑病主要为害月季、玫瑰、菊花等，花卉受害较普遍，其为害率一般为２０％～４０％。
炭疽病为害花卉种类多，常见的受害花卉有兰花、万年青、茶花、米兰、九里香、橡皮树、白兰花、君子兰、竹芋类、棕榈科花卉等。花卉叶片受害率为１０％～３０％，严重的在９０％以上。
此外，白粉病为害紫薇、芍药等，枯萎病为害棕榈科花卉（苗期）、菊花等。
介壳虫是发生较普遍的虫害，常为害苏铁、散尾葵、白兰、桂花、茶花、含笑、九里香、榕树、榆树、福建茶、棕竹等。在种植密度大、荫蔽度高的环境下发生重，若防治不及时易造成落叶、枯枝，甚至植株死亡。
螨类为害的花卉种类很多，常见的有柑橘类、榆树、万寿菊、月季、玫瑰、苏铁、竹类等。秋季是螨类为害的高峰期，必须使用对口农药及时防治。
另外，蓟马常为害细叶榕等。天牛、木蠹蛾在移栽后的榕树、仿伞枫、!