生产无公害慈姑必须确立正确的施肥量和施肥方法。
根据研究，要使慈姑亩产达1000～1500公斤，在肥料配比上，亩用纯氮24.5公斤、五氧化二磷12.4公斤、氧化钾14.6公斤。增加磷钾肥和中微肥的用量，增施高效生物有机肥和腐植酸配方肥黑丰佳，有助于提高慈姑产量。
施足基肥亩用生物有机肥80公斤、尿素15公斤、过磷酸钙50公斤。如果土壤严重缺乏中微量元素，还应每亩加施有机中微肥10公斤。
分次追肥第一次追肥在定植后10天，亩施黑丰佳40公斤、碳铵25公斤，以促进慈姑快速发棵。第二次追肥在定植后30天，一般亩施尿素10公斤、硫酸钾或氯化钾15～20公斤；若土质差、苗情弱，可适当增加尿素施用量，但此期要控制茎叶徒长。第三次追肥在抽生球茎（结姑）时（定植后60～80天），亩施尿素20～25公斤。这是一次关键施肥，目的是促进结姑。
每次追肥时将田间水层放浅到1～2厘米深，以提高肥效；施用黑丰佳，最好采取扒塘穴施的方法，不宜撒在表土上；如果土壤瘠薄，可适当增施氮肥。