药用植物施肥的深度要适中，只有施肥深度适中，才可充分利用肥效，达到增产的目的。具体方法如下：
种肥：
作为种肥一般是预先将所施的肥料埋施在种子下部或侧下部，肥料与种子应保持适当的距离，一般为3～5厘米，以避免肥料烧伤种子。所以用做种肥的肥料，施肥深度以5～6厘米为宜。
追肥：
施追肥时植株根系已初步发育形成，如采用机械追肥，应尽量减少伤根，施肥深度不宜太大，距植株的水平距离(侧距)应适当，一般情况下，行间追肥，窄行作物如薏苡、车前子等药材的追肥深度以6～8厘米为宜，宽行作物如金银花、黄栀子等药材的追肥深度以8～12厘米为宜，侧距以10～15厘米为宜。
底肥：
底肥的作用期是在作物生长的后期，这时作物的根系已经成熟，植株高大密集，根区追肥较难操作，主要靠播前整地时施入的底肥发挥作用。底肥深施常为15～20厘米或更深。而犁地施肥是一种简便易行的好办法，主要方法有两种：一种是先将肥料撒于地表再用犁耕翻入土;另一种是犁耕作业的同时将肥料施入犁沟。两者相比，后者为优，应大力提倡。