百合害虫主要有蚜虫、金龟子等。另外，还有根结线虫、地老虎等危害。
蚜虫桃虫是植物上危害最普遍的一种蚜虫。防治：消灭越冬虫源，清除附近杂草，进行彻底 清园清田。蚜虫危害期喷洒40%乐果或氧化乐果1200倍，或灭蚜松乳剂1500倍，或2.5%鱼精1 000～1500倍。保护天敌即保护七星瓢虫、食蚜蝇及草蛉等。
蛴螬是金龟甲的幼虫，主要活动在土内能危害多种植物的幼虫是重要的地下害虫。
防治：冬季深翻花圃及花坛土壤，可增加越冬虫体的死亡。危害期可浅施50%马拉松乳剂800 ～1000倍或马拉硫磷800～1000倍，都较好效果。
生物防治。目前国外用乳状菌，我国用金龟甲绿僵菌防治阔胸犀金龟均有较好的实验效果， 是利用有益菌类防治地下害虫的良好开端。