一、范围不同
工程结算确定的是工程建设阶段的工程价款，包括建筑工程费、安装工程费等；
竣工决算包括从筹集到竣工投产全过程的全部实际费用，即包括建筑工程费、安装工程费、设备工器具购置费用及预备费以及监理费、设计费、建设单位管理费等费用。
二、主体不同
工程结算是在建设单位和施工单位之间进行，有两个平等的主体；
工程决算是由建设单位对工程项目发生的费用进行归集、分配、汇总编制，只有一个主体。
三、时间不同
工程结算发生在工程决算之前，只有工程结算完成后，才能进行工程决算。
四、作用不同
工程结算是施工单位向建设单位索取工程报酬的依据，反映的是项目建设阶段的工作成果；
工程决算是正确核算新增固定资产价值，考核分析投资效果，反映的是综合、全面、完整的项目建设的最终成果。
五、依据法规不同
目前，工程结算的编制主要依据财政部、建设部联合发布的《建设工程价款结算暂行办法》；
工程决算的编制主要依据财政部发布的《基本建设财务管理规定》。
六、审计侧重点不同
工程结算审计主要侧重于工程造价审计；
工程决算审计包含了对工程及财务等全部建设费用的审计。