相当一部分果农在给果树施肥时，还存在着方法不科学和施肥部位不当的现象。大多数施肥部位离树干较近，不仅降低了肥料的利用率，而且伤害了果树大根，影响果树的生根、开花结果，造成减产。
果树对肥料的吸收主要靠根系中根毛来完成，在根毛区施肥，可以提高肥料的利用率，增产增收。一般情况下，水平根的分布范围为果树冠径的1～1.5倍，但大部分集中于树冠投影的外缘稍远处，呈垂直分布，由于树种、土质和管理水平不同而有差异。一般苹果、桃、李等果树的根系分布较浅，为40厘米左右；梨、葡萄等果树的根系分布较深，为80厘米左右。施肥应施在树冠投影处缘处或稍远处。根系分布深的果树要适当深施，反之浅施。
有机肥分解慢，但供肥期较长，可适当深施；化肥移动性大，可浅施。对于密植果园，可在行间深施，在株间浅施，最好不伤或少伤大根，这样方能充分发挥肥效，提高肥料的利用率，达到增产增收的目的。