气相色谱仪进样口的设计和选择取决于色谱柱的直径和类型。填充柱和大口径的毛细管柱使用填充柱进样口，而小口径的毛细管柱使用分流及不分流进样口。填充柱的进样口是为填充柱设计可更换的衬管使进样口适用于特定内径的色谱柱，柱内径一般为八分之一或四分之一英寸。当用大口径的毛细管柱时，专用的衬管使得其可以用于填充柱的进样口。色谱柱的柱容量与填充柱的柱容量的相同。试样样品用注射器穿过隔垫注入到载气流中。加热的进样口使试样样品液体被气化，而后载气将气化的试样样品带入色谱柱。
分流及不分流进样口使用色谱仪的毛细管柱有两种操作模式。分流模式毛细管柱有较小的试样样品容量。进样量通常远少于一微升以防止色谱柱超载。如此小的样品量操作起来是很困难的。而分流模式提供了另一种方法来解决此问题：采用将通常的进样量气化然后只把其中一部分引入到色谱柱内进行分析，其余大部分要经分流出口放空。