农业防治是根据农业生态环境与病虫害发生的关系，利用栽培管理技术，有目的地改变果园生态系中的某些因素，控制病害流行和害虫发生的一种防治方法。该法灵活、多样、经济、简便，在果树生长期内，结合栽培管理，不需要特殊设备，不用增加生产成本，即可收到很好的控制效果，且不存在杀伤天敌、农药残留和环境污染问题。
但在化学农药出现以后，农业防治对已经发生的病虫不及化学防治效果明显，人们形成了“农药万能”的错误观念，农业防治的基础作用被忽视，造成许多病虫严重发生。如苹果锈病、梨锈病本来发生很轻，但近年来随着经济的发展，城乡绿化空前发展，在一些果区，由于绿化选择树种不当，大量栽植桧柏、龙柏，为苹果锈病、梨锈病的病菌提供了很好的转主寄主，导致这两种病害的发生日趋严重，甚至造成毁灭性灾害。
病虫害的发生，与果园生态环境的变化有着密切的关系。在果园及果园四周种植各种有益的植物，可以增加天敌的有效性，控制次要害虫的发生。除了在果园种植有益的植物外，还要注意品种、树种的合理布局。果区风景绿化时，避免栽植桧柏，可有效地防止梨和苹果锈病的流行。在果树的正常管理措施中，有些措施可以有效地控制病虫的发生。如在冬季为果树整形修剪时，有意识地剪除病枝，能够减少病害的初浸染源。