公司合同专用章是需要到有关部门进行备案的，备案有利于发生印章冲突时更好的保护公司及自身的利益。公章和合同专用章的区别主要在于两者适用的部门机构不同。
一、公司合同专用章还需要备案吗
公司合同专用章需要备案的，因为如果不备案，当印章的真实性发生争议时，就无法保护自己的权益。公司合同专用章的法律意义为，合同当事人在合同上加盖合同专用章，表明合同要约、接受阶段已经结束，双方权利义务得到最终确认，从而确定本合同是经双方协商确定的。对双方具有法律效力，当事人应当根据合同行使权利、履行义务。
法律依据
《印章治安管理办法》第三条：本办法所称公章是指国家权力、党政机关、司法、参政议事、军队、武警、民主党派、工会、共青团、妇联等机关、团体，企业事业单位，民政部门登记的组织，居(村)民委员会和各议事协调机构及非常设机构的法定名称章和冠以法定名称的合同、财务、税务、发票等业务专用章。
二、合同专用章和公司专用章的区别
从法律上说，公司公章与公司合同专用章在合同签署的效力方面没有差异，友情提醒，公司之所以在公章之外，还另行刻制合同专用章，主要原因如下：因为公司公章与公司合同专用章在使用与管理上存在区别。
1.二者的管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门。
2.用途范围不同。公司合同专用章专用于合同的签订，其效力仅限于合同签订。公章则具有代表公司的功能。
三、合同专用章与公章的效力一样吗
合同专用章和公章的效力是一样的，但是合同专用章的使用范围更窄，实践中有的公司并没有合同专用章，是直接在合同上盖所在公司的公章。公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征。除法律有特殊规定外(如发票的盖章)，均可以公章代表法人意志，对外签订合同及其他法律文件，具有极高的法律效力，凡是以公司名义发出的信函、公文、合同、介绍信、证明或其他公司材料均可使用公章。