在播种或扦插前消毒苗圃土壤，可消灭病菌，确保苗木安全。常用且效果较好的方法有以下六种：
五氯硝基苯消毒每平方米苗圃地用75%五氯硝基苯4克、代森锌5克，混合后，再与12公斤细土拌匀。播种时下垫上盖，防治炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。
福尔马林消毒每平方米苗圃用福尔马林50毫升加水10公斤均匀地喷洒在地表，然后用草袋或塑料薄膜覆盖，闷10天左右揭掉覆盖物，使气体挥发，两天后可播种或扦插。防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病效果良好。
波尔多液消毒每平方米苗圃地用等量式(硫酸铜：石灰：水的比例为1:1:100)波尔多液2.5公斤，加赛力散10克喷洒土壤，待土壤稍干即可播种扦插。对防治黑斑病、斑点病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病效果明显。
多菌灵消毒多菌灵能防治多种真菌病害，对子囊菌和半知菌引起的病害防治效果好。土壤消毒用50%可湿性粉剂，每平方米拌1.5克，可防治根腐病、茎腐病、叶枯病、灰斑病等。也可按1:20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效防治苗期病害。
硫酸亚铁消毒用3%溶液处理土壤，每平方米用药液0.5公斤，可防治针叶花木的苗枯病，桃、梅缩叶病，兼治花卉缺铁引起的病。