1、采种：黄连木3至4月开花，9至10月果熟。果实从红色变为铜锈色时及时采果，否则10天后自行脱落，铜绿色果实是成熟饱满的种子，红色、淡红色果为空粒。采种选择20～40年生长健壮的母树上采集，当果实由红色变为铜锈色时即成熟，熟后10天左右收获。及时将采收的果实放入40℃至50℃的草木灰温水中浸泡2至3天，搓烂果肉，除去蜡质，用清水将种子冲洗干净，阴干后贮藏。
2、种子处理：将采收的种子浸入40℃～50℃的草木灰温水中浸泡2～3天，或用5%的石灰水浸泡2～3天，搓烂果肉，除去种皮蜡质，捞出沉在水干后储藏。秋季育苗，随采随播，种子不进行处理，于晚秋土壤封冻前播下。
3、层积贮藏：第二年春季育苗，当年冬季种子需要贮藏。选择地势较高排水良好的地块，挖深、宽各一米的坑，将种子与湿沙按1：3的比例混合均匀，倒入坑中，距地面15厘米处填入河沙，做成土堆，在坑内竖一通气草把。来年2～3月，取出育苗。
4、圃地选择：黄连木喜光，圃地应选排水良好，土壤深厚肥沃的沙壤土每亩施入2000公斤基肥。
5、播种育苗：春播一般在2月下到3月中旬。采用开沟条播，行距20～30cm，播幅为5～6cm，播种深3cm，播前灌足底水，将种子均匀撤入沟内，播种量为每亩10kg左右，播后覆土2～3cm，轻轻压实后覆草，保持湿润。出苗时分次揭去覆草，1个月后苗可出齐，发芽率50%～60%。
6、苗期管理：种子出苗前，要保持土壤湿润。为提高成活率，要及早间苗，第一次间苗在苗高3～4cm时进行，去弱留强，以后根据幼苗生长发育间苗1～2次。幼苗生长期间，每隔10～20天除草松土1次，多在灌溉后或雨后进行，行内松土厚度要浅于覆土厚度，行间松土可适当加深。苗高10cm时即可定苗，苗距5～10cm。后期根据幼苗的生长情况追肥灌水2次，幼苗生长期以氮肥、磷肥为主，速生期以氮肥、磷肥、钾肥混合，苗木硬化期钾肥为主，停施氮肥。一般一年生苗高60～80厘米，每亩产苗2～2.5万株。