在职期间违反竞业限制的处理方式是要求劳动者承担违约责任，并支付以实际损失或以约定的金额为基准的违约金。是否违法的认定可以通过分析单位的营业执照的经营范围，以及劳动者从事的具体业务来判断。
一、在职期间违反竞业限制怎么处理
在职期间违反竞业限制，用人单位可以要求劳动者承担违约责任来处理。根据我国《劳动合同法》规定，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
二、在职期间违反竞业限制怎么认定
在职期间违反竞业限制可以通过以下方式进行认定：
1.单位之间的经营业务是否重合
通过比较两家用人单位在营业执照上记载的经营范围是否存在重合可以证明两者之间是否具有竞争关系。但实践中往往存在着登记事项和实际经营事项不相一致的情形，即使两家用人单位之间的经营范围和主要业务不重合，也只是说明用人单位之间不存在横向竞争，但实际有可能存在纵向竞争的情形。
2.劳动者从事的具体业务
竞业限制应限于劳动者在用人单位所从事的专门业务,不包含劳动者未接触的部分,更不能扩大到用人单位的所有业务范围。
三、在职期间违反竞业限制的违约金要缴纳多少
在职期间违反竞业限制协议应当支付的经济补偿金按协议约定办理。竞业限制没有约定的，违约金一般按实际造成的损失支付;也有的地区采用经济补偿金的3倍支付。根据《劳动合同法》第二十三条、二十四条规定，用人单位可以与高级管理人员、高级技术人员和其它负有保密义务的人员，在劳动合同或者保密协议中约定保密事项，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内，不得到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务，由用人单位按月给予劳动者经济补偿。