银杏树病虫害的发生主要有两个因素：一是银杏本身抵抗病虫害能力低，使病虫害容易入侵；二是有病虫害发生的适宜外部环境。因此，要预防银杏树病虫害的发生就必须从采种、银杏树育苗、造林和后期管理等各个环节按科学的方法进行生产，切断一切病虫害可能发生的途径。银杏病虫害的预防主要有以下几个方面。
1、选择良种壮苗育苗和造林育苗用种要选用遗传品质好、充分成熟的大粒种子；苗圃地要选在地势平坦、背风、向阳、灌溉排水条件好且土壤肥沃的地方；育苗前用硫酸亚铁对土壤消毒，用500倍多菌灵液浸种进行杀菌消毒，并进行催芽处理；播种要提供适时早播，并采取遮阴措施；生长期要适时除草、浇水、施肥；从外地引进的银杏树种苗要进行检疫检验，防治病虫害的传入；建立银杏树优良品种采穗圃进行嫁接和扦插育苗，提高对病虫害的抗性。
2、因地制宜、多种栽培模式合理搭配要根据各地的立地条件合理规则，“矮、密、早、丰”园、采叶园、立体配置栽培和庭园栽植等模式合理搭配。做到合理开发、长短结合、这也是提高银杏树抵御自然灾害的重要方面。
3、采取综合管理措施，实现早产、稳产、高产主要是进行整形修剪，按不同模式科学施肥，中耕除草、灌溉、间作。促进树势迅速、健康生长。
4、加强预测预报，及时进行防治在银杏树基地设立监测点，随时进行监测，发现病虫害及时组织除治。