制冷系统的选择对于冷冻干燥机的质量非常重要，其中冷冻式干燥机制冷系统主要是压缩机和蒸发器的选择。制冷系统可以说是冷冻式干燥机的核心，在选择压缩机的时候还会有水冷式冷冻式干燥机、风冷式冷冻式干燥机和smd冷冻式干燥机之分。
一般情况下，水冷式冷冻式干燥机选用全封闭压缩机为主。因全封闭压缩机功率小，价格相对便宜；风冷式冷冻式干燥机一般选用半封闭压缩机为主；风冷式冷冻式干燥机选用半封闭压缩机，在选用时，也可考虑选用氨制冷压缩机，因为氨制冷压缩机功率大，并可一机多用，但安装及管理比较烦琐。
而在冷冻式干燥机蒸发器的选用时，高温冷冻式干燥机以选用冷风机为蒸发器，其特点是降温速度快，但易造成冷藏品的水分损耗；中、低温冷冻式干燥机选用无缝钢管制作的蒸发排管为主，其特点是恒温效果好，并能适时蓄冷。冷冻式干燥机在我们的工厂设备中发挥着巨大的作用，特别是对于现在空压机的工业时代，冷干机很好的对空压机有着后处理功能的辅助设备，让空压机效率更加完善，给我们一个好的工作环境和工作效率。