普洱茶主要色素物质是茶黄素、茶红素、茶褐素，目前认为这三种色素是茶多酚的主要水溶性氧化产物。
茶黄素是茶汤“亮“的主要成分;茶红素是茶汤“红“的主要成分;茶褐素是茶汤“褐“的主要成分。
(1)普洱茶在贮存过程中的茶黄素含量的变化波动性较大，其总趋势是：干仓茶的茶黄素含量增加，湿仓茶的茶黄素含量减少;
(2)贮存过程中的普洱茶茶红素含量的变化，呈现： 生普洱茶在干仓贮存过程中呈增加趋势，分别由贮存前期的7.47%(干仓生普洱散茶)和7.22%(干仓生普洱饼茶)增至2年期的7.73%、7.77%;而在湿仓中，不论是生普洱茶还是渥堆发酵的熟普洱茶，其茶红素含量均大幅下降，2年期时降幅分别达35.55%(湿仓生普洱散茶)、47.40%(湿仓生普洱饼茶)、65.96%(湿仓熟普洱散茶)和38.71%(湿仓熟普洱饼茶)。
(3)普洱茶的茶褐素含量在贮存过程中的变化规律性好，除了渥堆发酵的熟普洱茶(含熟散茶和熟饼茶)在干仓贮存中基本保持不变外，其余均增加，尤以贮存于湿仓中的生普洱茶为甚，分别由贮存前期的4.86%(生普洱散茶)、4.46%(生普洱饼茶)增至2年期时的10.49%(湿仓生普洱散茶)、8.62%(湿仓生普洱饼茶)，增加一倍左右，已快达到渥堆发酵普洱茶的一般水平，这些色素的综合变化，就促成汤色逐渐变深。