鸢尾的分类一直存在着争议，并导致分类的混乱。植物学分类和园艺学上的分类也有所不同。近年来，国际上多用美国鸢尾协会的分类系统，现介绍如下。
林奈将许多植物归于鸢尾属，而从林奈时期起至今又有许多植物归于鸢尾属，现在鸢尾属植物总数已超过200～300种。以后的分类又将许多植物归于其它亚属，并以组和更小的分类单位分类，但仍留于鸢尾属内。
到了19世纪，植物学家创建了一些新属，如饰冠鸢尾属、南非鸢尾属、假种皮鸢尾和西班牙鸢尾。然而就这些属的归属有两种观点。一是将这些属分成几个单独部分，二是将这些属归于鸢尾属。例如，j.g.baker在其1892年伦敦出版的鸢尾手册中将西班牙鸢尾和南非鸢尾从鸢尾属中分出。
w.r.dykes在他的《鸢尾属》（剑桥大学出版社，1913年；1974年由dover重印）论文中用折中的办法澄清了鸢尾分类。原来在各个属的鸢尾种群成为鸢尾属中的组。这些包括饰冠鸢尾属、南非鸢尾属、和西班牙鸢尾属。（w.r.dykes进一步将这些鸢尾组分成种群）其它种群仍留在鸢尾属之外。蛇头鸢尾（林奈称之为球根鸢尾）留在长果鸢尾属内，而许多被林奈归于鸢尾属的南非鸢尾种类仍留在鞘鸢尾属内。
l.diels的鸢尾分类完善了w.r.dykes的鸢尾分类。在无髯鸢尾组下设立了亚组。
1953年g.h.lawrence对鸢尾进行了重新分类。修订了randolph发表在《鸢尾园艺》上的鸢尾分类。（l.f.radolph，编辑者；美国鸢尾协会，1959年）。w.r.dykes的组和亚组被调整为亚属、组、亚组和系，而且没有任何鸢尾种类调进调出鸢尾属。美国鸢尾协会一直使用这种分类。