在君子兰的每个花葶上可开花20～40朵以上，花型较大，雌蕊一枚，位于花冠的中央，周围有六枚雄蕊，花丝粗壮，花粉成熟后也不易脱落，因此，去雄和授粉都比较容易。
君子兰的自然花期足从12月到第二年3月，但由于不同家庭的栽培条件不同，花期也很不一致，每朵花的花期可维持20－40天不等。君子兰雄蕊比雌蕊短，除冬季外，其他季节也会有昆虫传粉而造成白花授粉的可能，因此存杂交育种时对母本也应去雄和套袋，以免造成盲目授粉。授粉应在父本花药上的花粉粒呈金黄色时进行，可把它们逐个拔下来直接向已经发亮并分泌粘液的母本柱头上涂抹，为保证杂交成功每隔2天可重复授粉。如果父本和母本的花期不一致，则需事先把父本的花粉采集下来，放在冰箱干藏，保持在5～10℃之间，待母本柱头成熟后再用毛笔尖沾上花粉向柱头涂抹。
受精后的子房开始膨大，大约7个半月左右以后种皮开始变硬，果皮由绿逐渐变红，种子和果皮开始分离，果实变软，这时即可采收。
把君子兰种子种下，在幼苗期进行选择。