三菱系列plc程序流程控制应用指令共有十条，指令编号为fnc00～fnc09。它们在程序中的条件执行与优先处理，与顺控程序的控制流程有关。
一、条件跳转指令
条件跳转指令cj（conditional jump，fnc00）用于跳过顺序程序中的某一部分，以控制程序的流程。指针p（point）用于指示分支和跳步程序，在梯形图中，指针放在左侧母线的左边。
二、子程序调用与返回指令
子程序是为一些特定的控制目的编制的相对独立的程序。子程序调用指令call（sub- routine call，fnc01）用于子程序的调用，各子程序用指针p0～p62及p64～p127表示。
三、中断指令
中断是计算机所特有的一种工作方式，指主程序的执行过程中，中断主程序的执行去执行中断子程序。系列plc的中断事件包括输入中断、定时中断和高速计数器中断。
四、主程序结束指令
主程序结束指令fend（first end，fnc06）表示主程序的结束和子程序的开始。
五、监控定时器指令
监控定时器又称看门狗，在执行fend和end指令时，监控定时器被刷新（复位），plc正常工作时扫描周期小于它的定时时间。
六、程序循环指令
程序循环指令由for 及next两条指令构成。
for 指令用来表示循环区的起点，next表示循环区终点，for与next之间的程序被反复执行，执行完后，执行next后面的指令。