彩色马蹄莲常见的病害有叶斑病、疫病、立枯病、细菌性软腐病等。
盆栽彩色马蹄莲生长周期短，病害情况不明显，但要注意对虫害的防控。
当第一片叶子长出来时，每隔10至14天喷洒可杀得1.3g/l，每14天喷洒敌杀死0.4ml/l以防治昆虫。当发生蓟马危害花朵时，可使用宝贵0.12g/l对准花蕊喷施。种球供应商通常都会在出售种球以前对种球进行药剂处理，但为了将软腐病的危害降到最低，建议使用福美双2.0g/l、金雷多米尔0.2至0.4g/l、农用链霉素0.6至1.2g/l，将三种药剂混合后，在生长中期实施一次药剂灌溉。此外，还需注意日常管理中保持栽培环境的卫生和合理的盆间距。