沙棘主要病害是干缩病，常见的害虫有春尺蠖、苹小卷叶蛾、沙棘蚜虫和蛀干害虫柳蝙蛾等。
沙棘干缩病是沙棘的一种严重的毁火性病害，在栽植时应选择抗病品种，同时加强田间管理，定期松土，增强土壤通透性，提高植株的抗病能力，防止沙棘的根和地上部分受到严重的机械损伤，杜绝病源菌的入侵途径。化学防治是在4月下旬开始，开穴浇灌40％多菌灵胶悬剂500倍液或甲基托布津800倍液，每月1次，连续3~5次。
在春尺蠖、苹小卷叶蛾害虫发生期用25％灭杀毙2500倍液或20％速灭杀丁3000倍液喷洒；防治沙棘蚜虫可喷洒10％吡虫啉2500~3000倍液。