目前，中国尚少建立大型专业性果树苗圃。但随着社会的发展和现代农业的需要，专业性果树苗圃将会越来越多。现代化专业苗圃包括母本园和繁殖园两大部分。
1. 母本园 主要任务是提供各种繁殖材料，包括砧木种子、接穗等。当前设有母本园的苗圃尚不多见，一般均与品种园结合使用；也有一些果园附属的苗圃，则以果园的优良结果树作为繁殖材料的供源。为了保证种苗的纯度和优良种性，防止检疫性病虫害的传播，今后应建立专业性苗圃的母本园。
2. 繁殖区 是繁殖苗木的场所，包括实生苗圃和嫁接苗圃。前者是播种砧木种子、提供砧木苗的圃地；后者是培育嫁接苗的圃地。两者的土地面积比例约为1:10。
3. 轮作区 为了减少病虫害和避免连作弊端，每次苗木出圃后都应轮作1~2年水稻或豆科、薯类等作物，再供作苗圃。
4. 附属设施 专业苗圃还需建立种子、接穗等繁殖材料的贮藏室、办公室、工具室、苗木包装场以及仓库等附属设施。在进行划区时，还应做好道路、排灌系统、防护林的规划设置。此外，还需修建加盖粪池。