2023年1月8日起，南京禄口国际机场出入境航班已全部恢复至t2航站楼保障，国际(地区)航线正在逐步增加。出境旅客可根据所乘航班，选择在航站楼a岛或b岛值机柜台办理乘机手续。
目前，南京禄口国际机场运行的国际(地区)航班主要有：
【南京—米兰】意大利勒奥斯航空，每周一班，航班号no976/977，周五16:30抵达南京，周六12:00从南京飞往米兰
【南京—首尔】
吉祥航空，每周一、周六执行，航班号ho1651/1652
东方航空，每周二、周四执行，航班号mu5039/5040
大韩航空，每周三执行，航班号ke101/102
韩亚航空，每周日执行，航班号oz349/350
【南京—东京】
东方航空，每周三执行，航班号mu277/278
吉祥航空，每周四执行，航班号ho1619/1620
日本春秋航空，每周五执行，航班号ij125/126
【南京—大阪】吉祥航空，每周日执行，航班号ho1609/1610
【南京—新加坡】新加坡酷航，每周四、周日各一班，航班号tr180/181
【南京—曼谷】泰国越捷航空，每周三执行，航班号vz3526/3527
【南京—河内】越南航空，每周六执行，航班号vn560/561
【南京—马尼拉】菲律宾皇家航空，每周三执行，航班号rw427/428
【南京—香港】
东方航空，每天一班，航班号mu765/766
香港航空，每周一、三、五、日执行，航班号hx205/208
国泰航空，每周二、周四执行，航班号cx356/357
吉祥航空，每周五执行，航班号ho1301/1302
【南京—澳门】
澳门航空，每天一班，航班号nx127/128
东方航空，每天一班，航班号mu2685/2686
(实际执行班期及时刻以航空公司通告为准)