上海机动车违反禁止指令标志扣三分并且罚款一百元。机动车违章罚款应当去车管所或者是罚单上指定的银行进行缴纳，如果不再规定时间内缴纳会产生滞纳金。
一、上海机动车违反禁止指令标志扣几分
上海机动车违反禁止指令标志扣3分，根据《中华人民共和国道路交通安全法》有关规定，对机动车驾驶人处以罚款100元、记3分的处罚。对于未按规定时间、道路、区域行驶的，根据《中华人民共和国道路交通安全法》有关规定，对机动车驾驶人处以罚款200元、不记分的处罚。比如在外环线以内的部分区域，没有禁令标志，但驾驶人已经进入限行区域，这就是违反限行区域规定，要被罚200元，不扣分。
二、机动车违章罚款去哪里上交
机动车违章被处以罚款的，当事人应去车管所或罚单上指定的银行去缴纳罚款。逾期不缴纳的每日按罚款数额的百分之三加处罚款，作出行政处罚决定的行政机关加处罚款总额不得超出罚款数额。
《道路交通安全法》第一百零八条
当事人应当自收到罚款的行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行缴纳罚款。对行人、乘车人和非机动车驾驶人的罚款，当事人无异议的，可以当场予以收缴罚款。罚款应当开具省、自治区、直辖市财政部门统一制发的罚款收据；不出具财政部门统一制发的罚款收据的，当事人有权拒绝缴纳罚款。
三、有禁止停车标志的地方可以临时停车吗
有禁止停车标志的地方不可以临时停车。禁止停车表示在限定的范围，禁止一切车辆临时或长时停放。此标志设在禁止车辆停放的地方。禁止车辆停放的时间、车种和范围可用辅助标志说明。禁止临时停车的标志，中间打了一个红色的交叉号，出现这种标志的时候，说明在该路段禁止一切车辆停放。有的时候这些标志会配以禁止的时间范围、车种范围等辅助文字说明。禁止长时间停车的标志，是一个斜杠的标志，此时驾驶人要留在车辆上，并且车辆不能熄火，最好是随停随走。