在蔬菜生产中，微生物肥料(菌肥),如金宝贝生物肥,与一定量化肥配合施用，不仅有明显增产效果，而且对蔬菜硝酸盐含量有明显控制效果，比单施化肥（氨素）降低42.5%。因此微生物肥料与化肥（氨素）合理配合施用，对蔬菜生产有很大的实用性。
生物肥在环保中的作用也不可低估。随着工农业生产的发展，人民生活水平的提高，各种固体废物的排出量大幅度增加，这些有机废弃物进入环境后容易造成污染，严重影响环境卫生和生活质量，又占用大量土地，火势季节各种生活垃圾腐熟与腐烂易传播疾病等。而这些固体废物的生物处理，主要是利用微生长物分解有机污染物。因此充分利用各类有效微生物的特点、功能、作用，以处理城市垃圾及农牧业剩余物而生产生物肥料，这是一条最经济而行之有效的途径。
其方法：一是将大量的城市面上生活垃圾作为肥料，经过处理，由工厂加工成微生物有机复合肥料。二是加工生产特制微生物肥料（菌种剂），用以供应堆肥厂（场）对各种物料的堆制。它加快了发酵过程缩短堆肥的周期，也提高了堆肥质量和成熟度。加外还可将微生物肥料作土壤净化剂，如用洋葱单胞菌、菌剂对卤有机废物进行处理，也都取得了明显成效。