无论普洱生茶还是熟茶，都需要储存起来进行“陈化”，也就是放在库房里继续自然发酵。储存普洱茶的仓库分为干仓和湿仓两种，主要差异是温湿度和通风条件。在干仓中，普洱茶的自然发酵进程缓慢，即使历经10-20年依然口味醇厚，这也是普洱老茶的魅力和价值所在。湿仓实际上就是提高库房的温湿度，促进霉菌生长，加快后熟发酵进程，有点类似文物的“做旧”，但如果温湿度控制得不好会使茶叶劣变。
不过，单纯的湿仓储存并不足以产生黄曲霉毒素，毒素产生更重要的因素是劣质原料、储存不当和货物混放等原因。广州和南昌检出黄曲霉毒素的普洱茶均为湿仓储存的廉价普洱茶，普遍在每斤15元以下，最便宜的只有每斤4元。这样的茶叶本身品质不佳，仓储卫生条件更是无从谈起，因此被黄曲霉毒素污染就不足为奇了。
所以首先要强调的是，真正品质优良的普洱茶几乎不可能出现黄曲霉毒素污染。其次，普洱茶每次用量很少，大约只有5~10克，而黄曲霉毒素也不溶于水，因此在泡茶的时候，毒素不会进入茶汤，而大家喝茶的时候一般也不会把茶叶吃下去。因此，相比大米、玉米、花生等容易被黄曲霉污染的食物，来自茶叶的黄曲霉毒素污染实在是不足为虑。
当然，黄曲霉毒素是明确的致癌物。国际上普遍认为，致癌物没有安全的摄入量，也就是越少越好。因此建议消费者在选购普洱茶时，一是不要选择过于便宜的普洱茶。二是可以看一看、闻一闻，如果纸包上有水渍、茶饼明显发霉或味道不好就不要购买。三是冲泡的时候观察茶汤，如果不太清亮，甚至能喝出霉味，为了安全起见最好就别喝了。
2010年，广州市疾控中心在当地茶叶市场搜集了70个普洱茶样品，结果所有样品均被检出黄曲霉毒素，其中8个样品黄曲霉毒素超标。此外，也检测到另外三种真菌毒素：伏马菌素、t-2毒素和呕吐毒素。随后“普洱致癌”的说法一度甚嚣尘上，令消费者疑虑重重，也令商家头疼不已。2013年的另一项调查中，从南昌某茶叶市场采集的60份普洱茶也均检测到黄曲霉毒素，其中有7个样品的黄曲霉毒素含量超过每公斤5微克，其他真菌毒素的检出情况与广州类似。
虽然黄曲霉是自然界常见霉菌，普洱茶中确实可能携带，但要真正产生毒素并不容易。黄曲霉产生毒素需要很多条件，比如温湿度、营养物质，而且还需要携带能产生毒素的基因。而普洱茶的渥堆发酵温度较高，不是黄曲霉喜欢的温度，而且普洱茶的营养成分也不适合黄曲霉的“口味”，因此渥堆中产生毒素的可能性很小。
另外有研究发现，黑曲霉和黄曲霉在一起的时候会产生竞争关系。在渥堆发酵的中期，黑曲霉就已经牢牢掌控主动权。它不仅能够抑制黄曲霉的生长和产毒，甚至能一定程度上降解黄曲霉毒素。大陆和台湾一些学者试验过，分别用能产生毒素的黄曲霉菌种故意污染晒青毛茶，然后模拟普洱茶渥堆发酵，结果发现，即使黄曲霉能够侥幸存活，它也没能产生毒素。