黄星菊在高温高湿的天气下易发生病害，如炭疽病和枯萎病。
【炭疽病症状】表现为叶片上病斑近圆形，湿度大时，病斑呈深褐色湿润状，干燥时，中央裂开成穿孔状。
【防治方法】a.铲除田间杂草，减少病原。b.增施有机肥，降低氮肥施用量。c.在田间初见发病应立即施药，用70%甲基托布津可湿性粉剂50克，加75%的百菌清可湿性粉剂100克兑水60升，或用50%多菌灵可湿性粉剂500倍，40%灭病威300-400倍喷施，隔7天1次，连续2-3次。
【枯萎病症状】表现为被害植株底叶或植株一侧叶片边缘变黄，后萎蔫，最后整株枯死。
【防治方法】a.种植前土壤消毒处理。b.定植后用50%多菌灵可湿性粉剂1500倍或25%多菌灵可湿性粉剂750倍液作定根水灌根。c.发病后敌克松1000倍液淋透土壤。