紫花苜蓿播种后，种子开始发芽生长，进入苗期。紫花苜蓿在苗期生长缓慢，抵抗力差，易受到杂草、病虫、恶劣自然环境的影响，发育不良或死亡。
低温春季播种较早的紫花苜蓿在苗期易受到晚霜和倒春寒的危害，长时间低温和突然变温均能使幼苗死亡。遇到这种情况时，可采取灌水、焚烟、覆盖等方法避免。地表板结种子发芽还未出苗之前，遇到降水或其它情况，使土壤表层形成板结层，影响出苗，甚至造成严重缺苗，这对于用子叶出土的紫花苜蓿非常不利。出现板结时，要尽快破板，可使用短齿耙或用具有短齿的圆形镇压器，也可以采取轻度灌溉的方法。杂草紫花苜蓿的幼苗生长缓慢，容易受到杂草的危害，严重时会导致种植失败，不可忽视。防除杂草的方法有人工除草、机械除草和化学除草法，要根据实际情况使用。
越冬秋播的紫花苜蓿幼苗由于生长期短，株体弱小，营养物质积累少，越冬时容易出现大批死苗现象。除了不要过晚种植外，可采取培土、覆盖等方法，帮助幼苗越冬。其它情况除上述几种情况外，大雨、强风、烈日、病虫等情况均会危害幼苗生长，可根据实际情况，采取相应措施，保护紫花苜蓿安全度过幼苗期。