这是中国牡丹栽培管理中一项技术性很强的重要措施。它在很大程度上决定着植株生长热的强弱、开花品质的优劣、株形的观赏效果以及生命周期的长短。因此合理整形，因材修剪，至关重要。应当及时除去繁枝赘芽、枯枝、病虫枝、维持植株有均衡适量的枝条和美观的株形，使其通风透光，养分集中，才能生长旺盛，开花繁茂一致。 主要措施包括如下几项：
（１）选留枝干牡丹定植后，第一年任期生长，可以根颈处萌发出许多新芽（俗称土芽）；第二年春天时，待新芽长至１０左右时，可从中挑选几个生长健壮、充实、分布均匀者保留下来，作为主要枝干（俗称定股），余者全部除掉。以后每年或隔年继续选留１～２个新芽作为枝干培养，以使株丛逐年扩大和丰满。每年选留枝干数量常因品种、株龄及应用目的而异。生长势旺的品种每株可选留５～７枝；生长势弱、发枝力不强的品种，可任其生长，多选留几枝；株龄大者以及为采收繁殖材料（接芽及插穗）者，也应适当选留，而观赏用植株可少选留。
（２）酌情利用新芽为使牡丹花大艳丽，常结合修剪进行疏芽、标芽工作，使每枝上保留１个芽，余芽除掉，并将老枝干上发出的不定芽全部清除，以使养分集中，开花硕大。每枝上所保留的芽应以充实健壮为佳。有些品种生长势强，发枝力强且成花率高，每枝上常有１～２个甚至３个芽均可萌发成枝并正常开花，对于这些品种每枝上可适当多留些芽，以使增加着花量和适当延长花期；而某些生长势弱、发枝力弱并且成花率低的品种则应坚持１枝留１芽的修剪措施，否则就会造成养分分散，不易开花或开花品质低下的结果。
另外开过花的植株，如不作留种，应及时剪去残花，不使其结实，以免徒耗养分。入冬前或早春还应当剪去每枝上部枯死部分的枝梗。