声波聚焦流式细胞仪
声波聚焦流式细胞仪可以使用超声波更好地将细胞聚焦于一条直线，进行激光照射。即使在较高的进样速度下，声波聚焦技术也可以精确地将细胞定位在液流的中心，因此细胞信号的变异系数较小，数据质量更高。作为对比，同样在高进样速度下，传统的流体动力学聚焦由于鞘液压力相对变小，样本流的中心部分变宽，导致信号变异系数增大、数据质量下降。此外，声波聚焦的方式允许更高的上样量，并能够减少样品堵塞。声波聚焦流式细胞仪可以利用多达4种激光和14个荧光通道对样本进行检测。
细胞分选仪
细胞分选仪是传统流式细胞仪中的一种特殊类型，它允许用户根据所需参数，选择特定的细胞群或颗粒群，然后将这些细胞或颗粒引导到收集容器中，以供进一步研究。
细胞分选仪对样品液流进行高频振荡，以产生液滴来分离细胞。然后，液滴被赋予正电荷或负电荷，并通过金属偏转板，在那里它们根据电荷被导向一个特定的收集容器。收集容器可以是管状、载玻片或板状(96孔或384孔较为常见)。
细胞分选仪有两种类型，石英比色皿型和喷气管型，它们的不同之处在于激光照射点的位置。石英比色皿型细胞分选仪具有固定的激光照射线路，更容易为分选做好准备。喷气管型细胞分选仪需要每天对激光照射线路进行校准，设置起来更困难，但更适合小颗粒检测。
成像细胞仪
成像流式细胞仪(ifc)结合了传统的流式细胞术和荧光显微镜系统，这允许在单细胞和群体细胞水平上快速分析样品的形态和多参数荧光。ifc可以像共聚焦显微镜或荧光显微镜那样跟踪单个细胞内的蛋白质分布，也可以像流式细胞仪那样处理大量细胞。它们在多种应用中发挥关键作用，如细胞信号传导、共定位研究、细胞间相互作用、dna损伤和修复，以及需要对大量细胞的细胞定位与荧光表达进行协调的应用。
质谱流式细胞仪
质谱流式细胞仪结合了飞行时间质谱仪和流式细胞仪的功能。使用这种仪器时，细胞用重金属离子标记抗体进行标记，而不是荧光标记抗体，并使用时间飞行质谱法进行检测。但质谱流式细胞仪不具备fsc 或 ssc 光检测功能，因此无法使用常规方法检测细胞聚集体。此外，质谱流式细胞术不具有细胞自身荧光信号，试剂不具有与荧光标记相关的发射光谱重叠，因此不需要补偿。然而，样品在分析过程中会被破坏，因此无法进行细胞分选，并且采集速率远低于标准流式细胞仪。
用于微珠阵列分析的细胞仪
多重微珠阵列在分析小体积样品中的大量分析物方面已变得流行。简单地说，这些检测利用在特定通道中具有已知荧光量的捕获珠和由单独的激光检测到的报告分子，来量化与特定珠相关的捕获分析物的数量。
光谱分析仪
多参数流式细胞术的挑战之一是荧光色素之间的补偿(或消除光谱重叠)。一种新型的流式细胞仪，光谱分析仪就是专门针对这一问题而设计的。光谱分析仪测量多色样品中每个荧光色素的整个荧光发射光谱，以创建光谱指纹。然后在分析过程中，每个光谱是未混合的，为每个荧光色素提供一个纯信号。光谱分析正逐渐取代传统的pmts作为高维流式细胞术的检测方法。