银杏是喜肥而又耐肥的树种，科学施肥是银杏管理中的一个重要环节。因此，应根据银杏树体生长状况确定施肥的时期、数量和次数，全年施肥3-4次。
一、春施长叶肥。幼树或成年结果树的小年，应在谷雨前1个月施肥，可提高坐果率。如果是成年大树，应在谷雨后半个月施肥，可适当减少挂果量。施肥以速效肥为主，有机肥为辅，一般结果50公斤的树，需施人粪尿肥200公斤；如施化肥，以氮磷钾复合肥为最好，每株施2.5-5公斤，大树多施些，小树适当减少用量。
二、夏施长果肥。在7月上旬施，宜早不宜迟。这期间是果实长大，根系旺盛生长、花芽分化的时期，能否及时供应养分，既关系到当年产量高低，又关系到花芽形成和第二年的产量。长果肥以施速效肥为好，每株树可泼浇尿素0.5公斤，一定要加水泼浇，浓度控制在0.1%左右，绝对不要超过0.2%。由于当时正值高温干旱季节，一般不宜开沟施用，因为开沟施会切断银杏树的吸收根，引起严重的落果。施肥的浓度也务必引起重视，浓度过高很容易造成肥害。施肥后如果遇到连续干旱天气，还应适当浇水。
三、秋施养体肥。银杏种实一般于9月下旬至10月上中旬成熟采收后到落叶前，还有1-2个月的生长季节。银杏种实采收后一般可以见到根系的第二次生长高峰，已经孕育的花芽，也在继续发育，所以采后施肥，可以弥补树体结果所消耗的养分，恢复树势，确保第二年丰产。在根系生长高峰前施用，肥料的吸收和利用率也比较高。养体肥，以施用农家肥为最好，以开沟施用为好。开沟方向及深度可以适当改变，这时即使切断部分根系，也不会对植株的生长结实造成影响。施肥用量，可以按常年产量的3-4倍重施栏肥，即产100公斤白果的植株，可以施300-400公斤栏肥。
四、冬季重施基肥。每年春节前后，应当开深沟，重施基肥1次。基肥以土杂肥、饼肥为理想肥，施足了养体肥的银杏树，这时也可以少施甚至不施基肥。