君子兰的花是由数十朵漏斗状的小花簇拥而成的伞形花序。每朵小花都是雌蕊、雄蕊兼有的完全花。雌蕊1枚在中间伸出，雄蕊6枚较短而围在四周，因此雄蕊上的花粉就不容易自然落到雌蕊的柱头上，致使君子兰开花不结实、早落果。
如何才能获得籽粒饱满、发芽力强、数量多的君子兰种子呢，这就需要人工辅助授粉。当每朵小花盛开时，雌、雄蕊即已成熟。人工授粉时，可用干燥而松软的毛笔，蘸取雄蕊上金黄色的花粉，轻轻弹落到雌蕊的柱头上，第二三天再重复授粉2次即可。也可用镊子把雄蕊摘下，直接把花粉接触柱头，授粉效果更好。不同品种的君子兰同时开花，还可以进行人工杂交，培育新品种。当作母本的花一张开，就及时用镊子把雄蕊的花药摘除。然后再从选定的父本花上蘸取花粉进行授粉。授粉后应套上纸袋，记上标签。君子兰的种子成熟期较长，通常需经8～10个月。种皮由深绿色逐渐变为红色或紫红色，即已成熟。花朵多，受粉好，每株可采收70～80粒种子。