当色谱仪长时间不使用，忽然开机运行时，系统内积存的气泡会导致一系列问题。比如会导致压力偏低甚至无压力，样品的保留时间也会变长。所以务必要去除小气泡，才能使我们的工作得以开展。
（1）抽真空脱气法
一般的就是微型真空泵与微孔滤膜搭配使用，两者共同作用过滤掉流动相中杂质和气泡。
值得注意的是在过滤前一定保证真空泵的漏斗内无其他不相干溶剂的残留，还有微孔滤膜的对应体系也得注意，切不可将有机系与水系概念混淆，否则过滤的工作便毫无意义。
同时，反复过滤两至三次会达到好的效果，多花几分钟过滤，可能会节约好几个小时维修仪器的功夫。
（2）超声波脱气法
这可能是目前实验室使用广泛的脱气方法。
只需简单一步——将配制好的流动相连同容器一起放入超声波水槽中脱气15-20分钟即可。
以上两种除气方式可搭配使用。