南方红豆杉育苗地应选择疏松、富含腐殖质、呈中性或微酸性的高山台地、沟谷溪流两岸的深厚湿润性棕壤、暗棕壤为好。深翻、整平，按株行距0.4米×1.0米或0.4米×0.4米开穴，穴深40厘米，备栽。南方红豆杉育苗地应选择疏松、富含腐殖质、呈中性或微酸性的高山台地、沟谷溪流两岸的深厚湿润性棕壤、暗棕壤为好。深翻、整平，按株行距0.4米×1.0米或0.4米×0.4米开穴，穴深40厘米，备栽。
10月中下旬，果实呈深红色时采收种子。该种子属生理后熟，需要经过1年的湿沙贮藏才能发芽。常采取室外自然变湿沙藏层积法处理种子，以提高发芽率。
一般因地制宜在松树林下育苗移栽较好。选择郁闭度在0.6～0.7且无病虫害的湿地松或马尾松成林地作圃地，要求坡度平缓、上层深厚、排水良好。
在8～9月份将林内杂草和灌木清除掉，整理成水平梯面，深挖20～30厘米，于11月份浅翻细耙。整地时，施入腐熟基肥40～60担/亩(1亩二1/15公顷，下同)，分厢作床，床高15～20厘米，宽1.2米，整平厢面后用15厘米宽的木板压出播种沟，深2厘米，播种沟距离20厘米。
播种时间一般在早春为好。种子贮藏1年后，有30%种子裂口现白时，及时筛出种子，放在0.2%的高锰酸钾溶液中消毒10分钟，再用清水冲洗干净，晾干明水后均匀地播在沟内。条播为主，粒距5～7厘米。也可采用撒播。
播种后，挖取松林下带有菌根并过筛的黄壤土覆盖种子，厚度以不见种子为度。幼苗期注意遮荫，播种时覆盖稻草以不见土为适宜，苗期搭建荫棚，透光度在60%。然后铺植苔藓护苗，保护苗床不受日晒雨淋，并经常保持土壤疏松、湿润。种子出苗率在70%以上。